東京都支部は2004年9月に東京都済生会中央病院の高木誠先生が初代支部長として活動を開始しました．2006年に最初の東京都脳卒中市民公開セミナーを行い，その後は定期的に年に２回程度，セミナーを開催しています．東京都は人口も多くいろいろな場所でセミナーを開催して皆様に脳卒中を理解してもらう機会を作るようにしています．
東京都には大きな病院がたくさんあり，脳卒中の先端治療ができる場所も多いのですが，それらは人口密度の高い23区内とその近郊に集中しており，東京西部や島嶼部は極端に医療施設が少ない地域となっています．脳梗塞の血栓溶解療法がどこでもすぐに受けられるように脳卒中医療連携が整備されてきていますが，今後は血管内治療まで含めた脳卒中診療が受けられるような体制作りが急がれています．
支部長： 杏林大学医学部 脳卒中医学教室 教授 平野照之 副支部長：東京慈恵医科大学 内科学講座（神経内科）教授 井口保之 副支部長：日本医科大学大学院 医学研究科神経内科分野 大学院教授 木村和美 所在地： 杏林大学医学部 脳卒中医学教室 内
【脳卒中市民公開セミナー】
東京都支部では2005年から毎年，年に1-3回の市民向けの公開セミナーを開催しています．
脳卒中に関する正しい知識と最新の情報をお届けしています．
また，東京都の開催する脳卒中セミナー等にも後援しています．
【医療者への脳卒中セミナー】
医療者向けの脳卒中診療のスムーズな連携のため，セミナー・講演会を共同事業として後援しています．
ストップ！NO卒中プロジェクトエリア会議
Metropolitan Stroke Workshop
Care AF 講演会
発症して救急搬送してtPAや血管内治療，その後は回復期でのリハビリ治療，そして再発予防と，脳卒中は地域での連携が必要な疾患です．東京都として脳卒中医療連携協議会が設置され，その取り組みは，東京都のホームページ「東京都における脳卒中医療連携の取組」に公開されています．
● 救急搬送と急性期医療機関認定
都内で脳卒中になった場合，命にすぐに関わる救命が必要な状態の時には，最寄りの３次救急の救急救命センターにすぐに搬送されます．救命救急が必要でない重症度が軽い場合には，救急隊は脳卒中の可能性を評価します．脳卒中が疑われる場合には，発症から24時間以内はtPAによる血栓溶解療法を含めた急性期治療が行える最寄りの認定施設に搬送します（tPA血栓溶解療法は発症から4.5時間以内しか行えません）．このように脳卒中になった場合には，１分でも早い治療が行えるように，最寄りの認定施設に搬送される体制が出来上がっています．
この，東京都脳卒中急性期医療機関については最新のリストが上記の東京都のホームページに公開されています．また，脳卒中救急搬送体制実態調査をこれまでに平成22年2月と平成24年2月の2回行った詳細も公開されています
● 急性期から回復期に向けた地域連携の取り組み
急性期から速やかなリハビリテーションへの移行に際して情報共有するため，「東京都脳卒中地域連携資料計画書」が作成され，地域医療連携パス事務局も上記の東京都のホームページに公開されています．
● 東京都の脳卒中診療の行える医療機関について
東京都にはたくさんの病院と診療所やクリニックがあるため，各地域の中でどこに該当するような医療機関があるかは東京都の「東京都医療機関案内サービス-医療機関案内”ひまわり“」で検索することができます．